La procédurière
Jeanne-Baptiste de Bourbon se bat en permanence pour faire respecter les privilèges ecclésiastiques et temporels de l'ordre. Elle est constamment en procès et fait jouer régulièrement son droit à recourir au Grand Conseil. Ses démêlés avec les évêques sont nombreux car ceux-ci veulent imposer leur droit de visite. Son avocat s'oppose à celui de Luçon en 1665.
Elle intervient aussi pour faire respecter ses privilèges fiscaux, comme son exemption de la gabelle sur ses salines à Ardillon. Elle gagne la partie, en 1649, par l'obtention d'un arrêt du Conseil d'Etat. Par contre, elle perd son procès dans son bras de fer pour le paiement d'une partie de sa pension annuelle, accordée par le roi et qui devait être prise sur les revenus de plusieurs abbayes d'hommes. Les religieux de Relecq, en Bretagne, s'y opposent, car l'abbesse ne possède que l'autorisation royale. Il lui manque celle de Rome. Louis XIII revient sur sa décision, ce qui est rare vis-à-vis de sa demi-sœur. Elle s'entête et fait intervenir le Parlement de Rennes, moins prestigieux que celui de Paris. Rien n'y fait, cette fois-ci, elle est vaincue.
Jeanne-Baptiste entame également de multiples procédures contre les officiers du roi (comme ceux des Eaux et Forêts dans l'arrêt du conseil d'Etat ci-contre) ou contre des particuliers qui ne respectent pas leurs engagements dans l'entretien de terres ou de vignes. Elle se rend, elle-même, à Paris, pour les affaires importantes, comme celle de la défense de ses droits contre les religieux révoltés.
Arrêt du Conseil d'Etat
Cet arrêt du Conseil d'Etat règle le litige entre l'abbesse (au nom de son prieuré de la Font-Saint Martin) et un officier royal, le maître des Eaux et Forêts de Civray et Fontenay. En effet, elle avait passé un contrat avec un dénommé Bernard, afin qu' il coupe et achète du bois, dans un lieu situé près d'une cabane du prieuré, et subissant souvent des dégradations et vols. Or, l'officier royal interdit cet abattage et cette vente et même taxe l'abbesse de 1 000 livres d'amende et l'acquéreur de 500 livres, avec restitution des coupes de bois. Evidemment, Jeanne-Baptiste de Bourbon porte la cause devant le Conseil du roi, se plaint du grand préjudice qu'on lui fait du risque qu'elle court d'avoir à payer des dommages et intérêts, réclamés par Bernard, pour son manque à gagner. L'arrêt abroge la décision du maître des Eaux et Forêts et autorise la coupe et la vente du bois, permettant ainsi d'utiliser l'argent gagné pour faire des réparations dans le prieuré.
Cet arrêt est contresigné par la chancellerie. On retrouve certaines formules habituelles, comme celle du préambule « Louis par la grace de Dieu Roy de France et de Navarre… », mais également la référence à « nôtre très chère sœur naturelle jeanne Baptiste de Bourbon abbesse de Fontevraud ». Louis XIII utilise l'expression, sœur naturelle, tandis que celle-ci précise toujours dans ses documents fille légitimée de France.