L’antiprotestantisme de Jeanne-Baptiste
Choisir de se faire représenter face à Louise de Bourbon, abbesse pendant les guerres de religion, permet de renforcer sa position en se montrant comme une réformatrice et la digne héritière de Louise de Bourbon. Elle affirme le succès des catholiques contre les protestants.
Au XVIe siècle, dans le contexte des guerres de religion, Catherine de Médicis, pour rétablir l'ordre et montrer le roi (Charles IX) à ses sujets, entreprend un tour de France. Le 2 octobre 1565, l'abbesse les accueille. À genoux devant le roi, elle le supplie d'exterminer tous les suppôts de l'hérésie, en commençant par son proche parent, Louis de Bourbon, présent à ses côtés. Par vengeance, lors de la reprise des hostilités entre catholiques et protestants, le prince de Condé, permet à ses soldats de pénétrer dans l'abbaye et de la piller.
Au moment d'y entrer par la force, ils sont repoussés par "une armée qu'ils virent sur les murailles", sans doute les vassaux de l'abbesse. Pris de panique, les huguenots s'enfuient en abandonnant leur canon. On attribue cette victoire à l'intervention énergique, non pas des habitants, mais à celle miraculeuse des Dix Mille Martyrs, car l'abbesse et sa communauté prient ceux-ci pour éloigner le danger. Sur cette peinture, Jeanne-Baptiste s'approprie ainsi les actions des précédentes abbesses, dans leur lutte contre le protestantisme.
Fontevraud et le protestantisme
Au XVIe siècle, le protestantisme gagne le Poitou et une partie de l'Anjou. La ville de Saumur, située à une quinzaine de kilomètres de l'abbaye de Fontevraud, devient, en 1589, grâce à Henri III (1574-1589), une place de sûreté protestante confiée au meilleur lieutenant de Henri de Navarre, Philippe Duplessis-Mornay, appelé "le Pape des Huguenots". Les abbesses de Fontevraud, "représentantes" de l'Eglise catholique, après avoir instauré, non sans difficultés des réformes dans leur ordre, affrontent avec force les hérétiques, qu'elles considèrent comme redoutables, afin de protéger l'abbaye-mère et les prieurés de toute velléité de conversion.
Depuis 200 ans, des femmes de la famille de Bourbon la dirigent : Renée de Bourbon (1491-1534), Louise de Bourbon (1534-1595), Eléonore (1595-1611), Louise de Bourbon-Lavedan (1611-1637) et enfin Jeanne-Baptiste (1637-1670). Vers 1650, une minorité de protestants se regroupe autour de trois centres urbains : Angers (environ 400 personnes), Baugé (avec moins de 200) et surtout Saumur (1 500 sur 9 000 habitants). Cette forte présence, dans cette cité, irrite l'évêque du diocèse, Henri Arnauld, qui tente de la réduire, voire de l'éliminer. Dans ce contexte, l'abbesse tient à affirmer son soutien à la Contre-Réforme et sa fidélité à la foi catholique. Avec la Révocation de l'Edit de Nantes (1685), les abjurations se multiplient en Anjou, notamment à la suite du logement de soldats du régiment d'Alsace, et certaines ont lieu à l'abbaye.
Gabrielle de Rochechouart de Mortemart accueille des nouveaux convertis. Fontevraud a retrouvé sa puissance d'attraction. L'étude des prieurés (La Madeleine-les-Orléans, Espinasse) nous montre que leur situation est très différente de celle de l'abbaye. Ils n'échappent ni aux déprédations ni à la tentation pour certaines religieuses de passer au calvinisme. La comparaison avec d'autres grandes abbayes, telles Jouarre et Maubuisson renforce l'impression de particularité des abbesses de Fontevraud en ces temps d'opposition entre catholiques et protestants.